提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中央广播电视总台2023年黄金赛事资源发布******
光明日报北京1月11日电(记者牛梦笛)中央广播电视总台11日发布了2023年十项黄金大赛、十项黄金联赛,启动了总台与国家体育总局系列自主自办赛事。中宣部副部长、中央广播电视总台台长慎海雄出席活动,并与嘉宾共同发布2023年总台黄金赛事资源。
据介绍,2023年总台十项黄金大赛包括:杭州亚运会、成都大运会、苏迪曼杯羽毛球赛、男篮世界杯、世界女子排球联赛、世界游泳锦标赛、世界田径锦标赛、世界乒乓球锦标赛、世界短道速滑锦标赛、世界花样滑冰锦标赛。其中,杭州亚运会、成都大运会是今年在我国举办的最重大的国际综合性体育赛事。总台作为两项赛事的主转播机构和宣传报道主力军,将以新制播技术、新节目样态,向全球观众热情分享赛事盛况,展现真实、立体、全面的中国形象。
2023年总台十项黄金联赛包括:中国男篮职业联赛、中国足球超级联赛、美国男篮职业联赛、欧洲足球冠军联赛、德国足球甲级联赛、英格兰足球超级联赛、意大利足球甲级联赛、法国足球甲级联赛、北美职业冰球联赛、F1世界一级方程式锦标赛。总台央视体育频道(CCTV-5)、体育赛事频道(CCTV-5+)、奥林匹克频道(CCTV-16)及央视频、央视体育等全媒体传播矩阵蓄势发力,为体育迷带来最专业的转播报道。其中,奥林匹克频道(CCTV-16)将加大4K赛事呈现力度,以超高清大屏画质进一步提升顶级赛事观赛体验。
《光明日报》( 2023年01月12日 09版)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)